Граница района Выхино-Жулебино проходит по оси полосы отвода Рязанского направления МЖД (до 17,4 км), далее по городской черте Москвы (на юго-запад, пересекая полосу отвода Рязанского шоссе, по южной границе полосы отвода Рязанского шоссе, южной стороне Октябрьского проспекта города Люберцы, западной стороне 4-го Октябрьского проезда города Люберцы, северо-восточной (1 км на северо-восток) и юго-восточной границам свободной от капитальной застройки территории организации, юго-западной границе полосы отвода Новорязанского шоссе, внешней границе полосы отвода Московской кольцевой автомобильной дороги, включая все транспортные развязки улиц и дорог), далее на запад, пересекая МКАД и территорию Кузьминского лесопарка, по северным границам территории военного института (училища Верховного Совета), далее по оси улицы Степана Шутова, западной границе полосы отвода ЛЭП, северному берегу Верхнего Кузьминского пруда (до плотины), далее по осям улиц: Кузьминской, Академика Скрябина и Вострухина до Рязанского направления МЖД.
Таким образом, район Выхино-Жулебино граничит на севере по железной дороге с районами Вешняки и Косино-Ухтомский, на востоке — с Люберецким районом Московской области, на юге — городским округом Котельники и с московским районом Люблино, на западе — с районами Кузьминки и Рязанский.